Od nekadašnjih više stotina džamija i brojnih manjih islamskih bogomolja mesdžida, u Gospodar Jevremovoj ulici broj 11 jedini je sačuvani i aktivni objekat islamske verske arhitekture u Beogradu. Nalazi se na padini prema Dunavu, u blizini raskršća sa ulicom Kralja Petra. Nekada je dominirala u ambijentu pretežno niskih prizemnih kuća prometne trgovačke i zanatlijske četvrti beogradske varoši Zereka.
Od osmanlijskog putopisca Evlije Čelebije očuvani su opisi Beograda 17. veka u kojima je slikovito dočaran izgled grada u periodu turske vladavine, sa raznolikim objektima islamske arhitekture. Bajrakli džamiju su u drugoj polovini 19. veka opisivali istoričari i putopisci Konstantin Jireček, Đuzepe Barbanti Brodano kao i arheolog i etnolog Feliks Kanic. Pretpostavlja se da je današnja Bajrakli džamija izgrađena na mestu starijeg mesdžida, najverovatnije u drugoj polovini 17. veka, kao zadužbina turskog vladara sultana Sulejmana II (1687—1691). Prema nekadašnjim obnoviteljima prvobitno je bila Čohadži-hadži Alijina i kasnije Husein-ćehajina džamija, dok je današnji naziv dobila krajem 18.[3] U njoj kao glavnoj džamiji, boravio je i muvekit, čovek koji je proračunavao tačno hidžretsko vreme prema islamskom kalendaru (koji je počinjao od 622, godine, tj. godine hidžre ili prelaska proroka Muhameda iz grada Meke u Medinu) radi određivanja svetih dana, regulisao mehanizam sata i isticao zastavu na minaretu, u znak istovremnog početka molitve u svim ostalim islamskim bogomoljama u beogradskoj varoši. Za vreme austrijske vladavine 1717—1739. godine, služila je kao katedralna katolička crkva, a sa povratkom Turaka 1741. godine obnovljena je prvobitna namena. U 19. veku su je obnavljali vladari iz dinastije Obrenović, knez Mihailo i kralj Aleksandar Obrenović.
Knez Mihailo Obrenović naložio je 1868. godine ministru prosvete i crkvenih dela da izabere jednu od postojećih džamija i osposobi je za obavljanje muslimanskih verskih obreda, kada je osim džamije popravljena i dvorišna zgrada uz nju. Ministar prosvete i crkvenih dela uputio je Državnom savetu Kneževine Srbije akt od 10. maja 1868. godine sledeće sadržine: ”Da ne bi muhamedanci, koji se po svojim poslovima u Beogradu bave, bez religiozne utehe bili, Njegova Svetlost blagoizvolela je narediti da se jedna od ovdašnjih džamija popravi za bogomolju njihovu. Usled ovog visokog naloga, izabrana je kao najcelishodnija ”Bajrak” džamija i ministar građevina kao po molbi mojoj izaslao je stručne ljude, te su istu džamiju, kao i jednu kuću do nje, gde će hodža obitovati, pregledali ….“
Ukazom kneza Mihaila Obrenovića iz maja 1868. godine ovlašćen je bio ministar prosvete i crkvenih dela da „izdaje hodži po 240, a mujezinu 120 talira godišnje“, a službenici džamije su se izdržavali i zahvaljujući prihodima od nepokretnosti – vakufskih dobara. Prvi imam i mujezin u Bajrakli džamiji postavljeni su iste 1868. godine.
Između dva svetska rata džamiju je obnavljala i Opština grada Beograda, kada je 1935. godine prvi put zaštićena Uredbom o zaštiti beogradskih starina. Restauracija je izvođena nekoliko puta i nakon Drugog svetskog rata od strane Narodnog odbora grada Beograda i Zavoda za zaštitu i naučno proučavanje spomenika kulture, a od sredine šezdesetih godina XX veka i Zavoda za zaštitu spomenika kulture grada Beograda. Posle novijih oštećenja 2004. godine izvedeni su konzervatorski radovi na sanaciji i restauraciji kamene fasade sa obnovom prozorskih otvora.